有很多读者认为他是贾赦的次子。在冷子兴演说荣国府的时候，曾提到“若问那赦公，也有二子，长名贾琏。”有的版本写做“次名贾琏。”如果“长名贾琏”，贾琏的“琏二爷”之称就成了问题；如果是“次名贾琏”，也可能是贾赦的长子幼年夭亡，所以没有被提及，但是贾琮的身份就成了一个谜团。
那么，贾琮究竟是不是贾赦的儿子呢？在第二十四回，贾宝玉去给生病的贾赦请安的时候，贾琮上来问宝玉好，被邢夫人骂了一顿：“那里找活猴儿去！你那奶妈子死绝了，也不收拾收拾你，弄得黑眉乌嘴的，那里像大家子念书的孩子！”如果贾琮不是贾赦的儿子，我们很难想象，邢夫人一个做伯母或者婶母的，会这样骂一个侄子。这是只有母亲（哪怕不是生母）才会对儿子的骂。
那我们是否可以就此认定贾琮是贾赦的儿子了呢？在五十三回贾府除夕祭祀的时候，“贾敬主祭，贾赦陪祭，贾珍献爵，贾琏、贾琮献帛，宝玉捧香，贾葛、贾菱展拜毯，守焚池。”在这段文字中，每一家都只有一个男丁参与，贾赦陪祭，他的弟弟贾政就只能在后面随众人排班立定；宝玉捧香，他的弟弟贾环也同样是在后面排班立定；所以，贾琏和贾琮同时出现参与祭祀的人员中，是否证明了他们并非亲兄弟呢？
第五十四回，贾府庆元宵的时候，吃了酒席，贾母便说：“珍哥儿，带着你兄弟们去罢！我也就睡了。”贾珍答应了，转身带着贾琏出来，命人将贾琮、贾璜各自送回家去，便邀了贾琏去追欢卖笑。
贾璜的身份作者交代的非常清楚，“是贾家玉字辈的嫡派……守着些小的产业，又时常到宁荣二府里去请安，又会奉承凤姐儿并尤氏。”也就是说，贾璜和宁荣二府，只是血缘关系非常近的子侄辈。可是，此处把贾琮和贾璜放在了一起，是否也证明了贾琮也只是贾家血缘关系非常近的子侄被呢？而且，如果贾琮是贾赦的儿子，还需要专门派人送回家去吗？
还有，在第七十五回，贾府的中秋夜，“上面居中，贾母坐下。左垂首贾赦、贾珍、贾琏、贾蓉，右垂首贾政、宝玉、贾环、贾兰，团团围坐。”这可是贾府中骨肉最齐全的一次聚会，如果贾琮是贾赦的儿子，他怎么可能不出席呢？
如果我们就这些内容否定贾琮是贾赦的儿子，可同样是在第七十五回，贾珍在家里以习射为由，请了各世家的弟兄来斗鸡走狗，问柳评花的时候，贾赦、贾政不明就里，反说这才是正理，“两处遂也命贾环、贾琮、宝玉、贾兰等四人于饭后过来，跟着贾珍习射一回，方许回去。”这一段文字，似乎又可以直接证明，贾琮就是贾赦的儿子。
贾琮究竟是不是贾赦的儿子？他的身份前后不一，究竟是作者无意间的疏忽，还是刻意留下的破绽？只怕，这又是《红楼梦》中一个谜团了。
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