呼吸功能：正常呼吸时空气经由鼻咽、口咽、喉咽、气管支气管进到肺部，鼻咽黏膜为柱状纤毛上皮，含有杯状细胞，黏膜表面黏液毯与鼻腔黏膜黏液毯连成一片，有较强的黏稠性，对吸入气流中的尘粒、细菌等有吸附作用，以及抑制与溶解细菌的作用；上皮的纤毛运动将黏液毯不断推向口咽，使黏液被咽下或吐出，由此保持对吸人空气的滤过、清洁作用。
言语形成：咽腔为共鸣腔之一，发音时咽腔和口腔可改变形状，产生共鸣，使声音清晰、和谐悦耳，并由软腭、口、舌、唇、齿等协同作用，构成各种语音。正常的咽部结构及发音时对咽部形态大小的相应调整，对清晰、和谐的发音起重要作用。
防御保护功能：主要通过咽的吞咽、呕吐反射来完成。吞咽时，通过吞咽反射可封闭鼻咽和喉，避免食物吸入气管或反流入鼻腔，但当异物或有害物质接触咽部时，则发生恶心、呕吐，有利于排除异物及有害物质。
调节中耳气压功能：吞咽动作不断进行，咽鼓管不断随之启闭，以维持中耳内气压与外界大气压平衡，是保持正常听力的重要条件之一。
扁桃体的免疫功能：人类的扁桃体属末梢免疫器官，生发中心含有各种吞噬细胞，可吞噬消灭各种病原体。同时，扁桃体可以产生多种具有天然免疫力的细胞和抗体，如T淋巴细胞、B淋巴细胞、吞噬细胞及免疫球蛋白等，可以清除、消灭从血液、淋巴或组织等途径侵入机体的有害物质。